Die Stoffstrombilanz ermittelt und dokumentiert die dem Betrieb zugeführten und abgegebenen N und P-Mengen. Zu berücksichtigen sind dabei alle Düngemittel, Bodenhilfsstoffe, Kultursubstrate, Pflanzenhilfsmittel, Futtermittel und auch landwirtschaftliche Nutztiere die dem Betrieb zugeführt werden. Auch Saatgut stellt eine Zufuhr von Nährstoffen in den Betrieb dar. Allerdings ist gemäß Verordnung nur das Saatgut für Getreide, Mais, Kartoffeln und Körnerleguminosen zu berücksichtigen. Auf Basis dieser Gegenüberstellung sind jährliche N- und P-Bilanzen zu erstellen.